В 1983 году окончил фармацевтический факультет Алматинского государственного медицинского института по специальности «Фармация».
С 1983-1986 г.г. работал ассистентом кафедры фармацевтической химии Шымкентского филиала Алма-Атинского государственного медицинского института. В 1986 г. прошел стажировку Ордена Дружбы народов в Львовском государственном медицинском институте.
С 1987 по 1990 гг. обучался в аспирантуре I Московской медицинской академии им. Сеченова, в 1990 г. защитил диссертационную работу на соискание степени кандидата фармацевтических наук.
С 1990 г. продолжал работу в качестве ассистента. С 1992 г. – старший преподаватель, с 1995 г. – доцент кафедры фармакогнозии.
С января 1995 г. по сентябрь 1998 г. Махатов Б.К был назначен на должность декана фармацевтического факультета. В 1998 г. защитил докторскую диссертацию по теме «Фармакогностическое исследование некоторых растений Республики Казахстан и технологическая основа разработки лекарственных форм полифенольных комплексов противовоспалительного действия» по специальности 15.00.01 — технология лекарств и организация фармацевтического дела и 15.00.02 — фармацевтическая химия и фармакогнозия.
С 1998 г. по 2008 г. являлся проректором по международным и экономическим связям. Пребывая на данной должности, Махатов Б.К. усиленно работал над развитием коммерческой структуры академии и укреплением материально-технической базы ВУЗа. С 2000 по 2002 гг. работал на должности заведующего кафедрой организации фармации и управления фармацевтического дела. В 2000 году получил звание профессора. В 2004 году закончил второе высшее образование по специальности «Экономика».
С 2008 года по 1 марта 2018 года занимал должность проректора по организационно-экономической работе ЮКГМА. С 2011 года академик Казахстанской Национальной академии естественных наук. В 2018 году получил высшее образование по специальности: «Иностранный язык: два иностранных языка».
С 2018 года директор факультета повышения квалификации медицинских работников и фармацевтов ТОО «Центр непрерывного профессионального развития». С 2021 года директор медицинского центра «Remedy», являющейся клинической базой ТОО «Центр непрерывного профессионального развития».
Имеет более 220 публикаций. Подготовил и издал ряд методических пособий, является автором 6 рационализаторских предложений, является автором ряда изобретений и имеет 4 патентов на научные изобретения, выпустил 2 монографии и 38 научно-методических работ.
Подготовил 7 кандидатов фармацевтических наук и двух докторов фармацевтических наук, 2 докторов Phd и 11 магистров.
За заслуги и вклад в развитие отечественной медицины и науки награжден:
Почетной грамотой Министра здравоохранения РК (1997г.);
Нагрудным знаком «Отличник здравоохранения» (1999г.);
Нагрудным знаком «Облысқа сіңірген еңбегі үшін» (2011г.);
Нагрудным знаком «Почетный работник образования» (2013г.);
Нагрудным знаком «Денсаулық сақтау ісіне қосқан үлесі үшін»
(2013г.);
Медалью «За верность профессии фармацевта» (2014 г.);
Нагрудным знаком «Кәсіподаққа сіңірген еңбегі үшін» (2014 г.);
Медалью «За профессиональные заслуги» (2015 г.);
Медалью «Ерен еңбегі үшін» (2015 г.);
Нагрудным знаком «Тәуелсіздікке 25 жыл» (2016г);
Нагрудным знаком «Халық құрметі» (2017г.);
Нагрудным знаком «Д.А. Қонаев 105 жыл» (2018г.);
Медалью «Халық каһарманы Қасым Бейсенов» (2018г.).
